"Charly" comenzó su carrera en Cerro de Uruguay en 1979, luego pasó a Peñarol en 1984 y arribó a Español en 1985. Allí, enseguida logró ganarse la titularidad en el primer equipo que luego iba a terminar peleando el campeonato con River y Newell’s, logrando un segundo puesto compartido con el elenco rosarino que tenía mayor diferencia de gol.
Al año siguiente, el defensor mantuvo su buen nivel que le valió una convocatoria para participar del Mundial de México. En ese torneo, "Charly" se dió el gusto de romper un record ya que sufrió la más rápida expulsión en la historia de los mundiales (a los 50 segundos del partido con Escocia). En la Selección, jugó 14 partidos y convirtió 1 gol.
El uruguayo seguiría su buena senda en el Deportivo Español, ya que éste estaba pasando por su mejor momento deportivo.
En 1992 junto a Luongo, Zanetti y Bustos formaron una defensa casi invulnerable obteniendo el segundo puesto del Clausura.
A finales de 1994, el
yorugua abandonó las filas del gallego. Una lesión lo dejaba un tiempo fuera de
las canchas y la comisión luego de varias idas y vueltas, decidió darle el pase
en "reconocimiento" por su trayectoria.El uruguayo volvió a su país para sumarse a Rampla Juniors, donde estubo un tiempo y a mediados de 1995 regresó a la Argentina para jugar en primera división con Gimnasia de Jujuy.
En el lobo jujeño jugo dos campeonatos, pero una nueva lesión lo volvió a alejar un tiempo de las canchas hasta que en mayo de 1998 se sumó a Atlético Mar del Plata, que debía jugar un triangular junto a Alvarado y San Lorenzo para definir el representante de la Liga Marplatense en el torneo Argentino B.
El elenco marplatense, que estaba apoyado por un grupo de empresarios, entre ellos Oscar Ruggeri, que además aportó varios jugadores de destacada trayectoria como el Puma Rodríaguez, entre otros, tuvo una participación decepcionante logrando que todos los jugadores traídos para el triangular se fueran instantáneamente.
Charly no bajó los brazos, continuó con su carrera y se dio el lujo volver a ponerse la casaca de Español que luchaba por no descender a la B Nacional. Batista, que jugó varios partidos y anotó un golazo de tiro libre en Victoria frente a Tigre, no pudo evitar el descenso.
En la temporada 1999-00, Batista fichó para Argentinos de Quilmes, que se encontraba en la Primera B, categoría en la que se encontraba su ex equipo. Y cuando ambos rivales se enfrentaron, en la previa, los dirigentes gallegos lo homenajearon con una plaqueta en reconocimiento a su trayectoria en el club.
Tras su salida del Mate, “Charly” siguió disputando el vicio en Indio de Brandsen que competía en el Torneo Argentino B.
A mediados de 2001, su equipo quedó eliminado del Argentino, lo que concluyó su etapa como futbolista.
