Boliviano. Volante ofensivo. De Boca (1986-88, 92 partidos, 3 goles) y River (1988-89, 23 partidos). Jugó 115 partidos, 3 goles.
El talentoso mediocampista boliviano se inició en Blooming, donde debutó en 1979 y se quedó hasta 1985.
En 1986 fue incorporado por Boca Juniors. Su debut en el Xeneize se produjo el 26 de enero de 1986 en un 1-1 contra Ferro por el campeonato de Primera División 1985/86. Desde ese momento, Milton se ganó un merecido reconocimiento por su buen juego y en especial, por entregarle la pelota redonda a sus compañeros.
La hinchada de Boca lo alentaba con el grito: “boliviano, boliviano, boliviano”, que era un elogio y un reconocimiento para el futbolista.
A pesar de ser un volante ofensivo, su aporte de gol fue escaso, sólo tres goles convirtió en el fútbol local.
En 1988 no estaba en los planes del DT, José Omar Pastoriza, quien necesitaba un volante más funcional como Marangoni, que luego pasó al Xeneize. Entonces, Melgar aceptó la oferta de River Plate, que había contratado a César Luis Menotti, quien ya conocía a Milton por su paso como DT de Boca.
Con el cambio de vereda, el volante se convirtió en el único boliviano que jugó en los dos equipos más grandes de Argentina.
En el conjunto millonario no pudo afirmarse como titular, debido a que, había muchos jugadores en su puesto. Además debió pelear contra la desconfianza del público por su pasado en el eterno rival.
Tras su experiencia de un año en Núñez, a los 30 años retornó a su país, donde fichó para Bolivar (volvió en 1995) y luego continúo su carrera por: Oriente Petrolero (1990), Blooming (1991), Everton, de Chile (1992), The Strongest (1993), Cobreola, de Chile (1994) y Real Santa Cruz (1996).
Milton tuvo una tercera etapa en Blooming, donde se retiró en diciembre de 1997 (con 38) y éste mismo club le tributó un partido de homenaje en su despedida, pero al año siguiente llegó a jugar algunos encuentros en Oriente Petrolero. Allí oficiaba de ayudante de campo, pero el DT Walter Roque le pidió que vuelva ponerse los cortos para sacar adelante el equipo, que pasaba por un momento crítico.
Durante su carrera, Melgar fue un jugador que siempre estuvo presente en cada convocatoria al seleccionado boliviano, donde se convirtió en ídolo y formó parte del plantel que clasificó al Mundial de 1994 en Estados Unidos. Era el capitán y el cerebro de ese equipo inolvidable, que inauguró la copa frente Alemania, encuentro que finalizó 0-1.
También participó de las eliminatorias del Mundial de 1998 y ese uno de los jugadores que más partidos jugaron con la camiseta de su país.
Tras abandonar la actividad, Melgar se dedicó a la dirección técnica. Dirigió a Blooming, Oriente Petrolero y las selecciones juveniles.
En 2006 fue nombrado como ministro de deportes por Evo Morales, pero renunció al año siguiente y en la actualidad, tiene la escuela de fútbol más popular de Bolivia en Santa Cruz, su ciudad natal.
